Les récoltes réalisées dans les organes végétaux (en particulier les fruits) en cours de décomposition permettent d'observer une multitude d'espèces de Nématodes libres.
La cuticule de ces vers ronds est transparente, il est possible de voir les organes en place et de décrire l'organisation anatomique qui caractérise le groupe. On repère facilement:
- l'appareil digestif : cavité buccale suivie du pharynx , tube musculeux, avec deux bulbes chez les Rhabditidae qui sélectionne les particules alimentaires (souvent des bactéries) et les envoie dans l'intestin (on peut le voir fonctionner) terminé par le rectum et l'anus.
- l'appareil reproducteur : dans la plupart des espèces on observe surtout des hermaphrodites qui produisent d'abord dans leur gonade, des spermatozoïdes (stockés) puis des ovocytes, les mâles étant rares. Dans certains cas, il y a les deux sexes dans les mêmes proportions (sans hermaphrodites). Le dimorphisme sexuel est toujours bien marqué.
Quand des mâles sont présents, il n'est pas rare d'observer un accouplement avec copulation.
- le système musculaire : muscles de la paroi du corps, du pharynx, de la vulve.
Rq: les neurones sont difficiles à repérer en microscopie optique classique.

Dans les préparations, on observe de nombreux vers à différents stades larvaires. En effet, le développement post-embryonnaire de référence (C. elegans ) comporte 4 stades larvaires L1, L2, L3, L4 et l'adulte, avec éventuellement un stade de résistance (dauer) qui remplace L3. Le passage d'un stade à l'autre est marqué par une mue.

Gros plan sur l'anatomie

• d'un hermaphrodite
• d'un mâle